Экспрессия длинных некодирующих РНК и белоккодирующих генов, вовлеченных в окислительный стресс и клеточное старение у больных с хронической обструктивной болезнью легких

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Хроническая обструктивная болезнь легких (ХОБЛ) – многофакторное хроническое гетерогенное воспалительное заболевание дыхательной системы. Молекулярный патогенез ХОБЛ может включать нарушение регуляции стрессовых реакций, связанных с клеточным старением и затрагивающих различные сигнальные каскады и их эпигенетические регуляторы, в том числе длинные некодирующие РНК (днРНК). C целью оценки вклада генов, связанных с клеточным старением и окислительным стрессом, в молекулярный патогенез ХОБЛ проведен анализ профиля экспрессии днРНК (TP53TG1, LINC00342, H19, MALAT1, DNM3OS, MEG3) и белоккодирующих генов (PTEN, TGFB2, FOXO3, KEAP1) в мононуклеарных клетках крови больных ХОБЛ (n = 92) и здоровых доноров (n = 81). Установлено значимое снижение уровней экспрессии днРНК TP53TG1, DNM3OS и мРНК TGFB2 и повышение экспрессии днРНК MALAT1 и LINC00342 у больных ХОБЛ. По результатам множественного регрессионного и ROC-анализа получена высокоинформативная прогностическая модель развития ХОБЛ, которая включает одновременную оценку уровня экспрессии днРНК TP53TG1 и мРНК TGFB2 (AUC = 0.92). Найдена положительная корреляция уровней экспрессии MALAT1, DNM3OS, TGFB2, FOXO3 и KEAP1 с параметрами функции легочного дыхания, отражающими прогрессирование заболевания. Гены, экспрессия которых в мононуклеарных клетках крови больных ХОБЛ отличалась от экспрессии в контрольной группе (днРНК TP53TG1, LINC00342, DNM3OS, MALAT1 и белоккодирующий ген TGFB2) участвуют в регуляции апоптоза, воспаления, фиброгенеза и эпителиально-мезенхимального перехода, что может указывать на активную роль процессов клеточного старения в молекулярном патогенезе ХОБЛ.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

В. А. Маркелов

Уфимский федеральный исследовательский центр Российской академии наук; Башкирский государственный медицинский университет

Email: guly_kory@mail.ru

Институт биохимии и генетики

Россия, Уфа, 450054; Уфа, 450008

Г. Ф. Корытина

Уфимский федеральный исследовательский центр Российской академии наук; Башкирский государственный медицинский университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: guly_kory@mail.ru

Институт биохимии и генетики

Россия, Уфа, 450054; Уфа, 450008

Ю. Г. Азнабаева

Башкирский государственный медицинский университет

Email: guly_kory@mail.ru
Россия, Уфа, 450008

И. А. Гибадуллин

Башкирский государственный медицинский университет

Email: guly_kory@mail.ru
Россия, Уфа, 450008

Л. З. Ахмадишина

Уфимский федеральный исследовательский центр Российской академии наук; Уфимский государственный нефтяной технический университет

Email: guly_kory@mail.ru

Институт биохимии и генетики

Россия, Уфа, 450054; Уфа, 450064

Т. Р. Насибуллин

Уфимский федеральный исследовательский центр Российской академии наук

Email: guly_kory@mail.ru

Институт биохимии и генетики

Россия, Уфа, 450054

О. В. Кочетова

Уфимский федеральный исследовательский центр Российской академии наук

Email: guly_kory@mail.ru

Институт биохимии и генетики

Россия, Уфа, 450054

А. М. Авзалетдинов

Башкирский государственный медицинский университет

Email: guly_kory@mail.ru
Россия, Уфа, 450008

Н. Ш. Загидуллин

Башкирский государственный медицинский университет

Email: guly_kory@mail.ru
Россия, Уфа, 450008

Список литературы

  1. Чучалин А.Г., Авдеев С.Н., Айсанов З.Р., Белевский А.С., Лещенко И.В., Овчаренко С.И., Шмелев Е.И. (2022) Хроническая обструктивная болезнь легких: федеральные клинические рекомендации по диагностике и лечению. Пульмонология. 32(3), 356–392.
  2. Agustí A., Celli B.R., Criner G.J., Halpin D., Anzueto A., Barnes P., Bourbeau J., Han M.K., Martinez F.J., Montes de Oca M., Mortimer K., Papi A., Pavord I., Roche N., Salvi S., Sin D.D., Singh D., Stockley R., López Varela M.V., Wedzicha J.A., Vogelmeier C.F. (2023) Global initiative for chronic obstructive lung disease 2023 report: GOLD executive summary. Eur. Respir. J. 61(4), 2300239.
  3. Ragland M.F., Benway C.J., Lutz S.M., Bowler R.P., Hecker J., Hokanson J.E., Crapo J.D., Castaldi P.J., DeMeo D.L., Hersh C.P., Hobbs B.D., Lange C., Beaty T.H., Cho M.H., Silverman E.K. (2019) Genetic advances in chronic obstructive pulmonary disease. insights from COPDGene. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 200(6), 677–690.
  4. Choudhury G., MacNee W. (2017) Role of inflammation and oxidative stress in the pathology of ageing in COPD: potential therapeutic interventions. COPD. 14(1), 122–135.
  5. Aghali A., Koloko Ngassie M.L., Pabelick C.M., Prakash Y.S. (2022) Cellular senescence in aging lungs and diseases. Cells. 11(11), 1781.
  6. 6. Birch J., Anderson R.K., Correia-Melo C., Jurk D., Hewitt G., Marques F.M., Green N.J., Moisey E., Birrell M.A., Belvisi M.G., Black F., Taylor J.J., Fisher A.J, De Soyza A., Passos J.F. (2015) DNA damage response at telomeres contributes to lung aging and chronic obstructive pulmonary disease. Am. J. Physiol. Lung Cell. Mol. Physiol. 309(10), L1124–1137.
  7. 7. Barnes P.J., Baker J., Donnelly L.E. (2019) Cellular senescence as a mechanism and target in chronic lung diseases. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 200(5), 556–564.
  8. 8. Brandsma C.A., de Vries M., Costa R., Woldhuis R.R., Königshoff M., Timens W. (2017) Lung ageing and COPD: is there a role for ageing in abnormal tissue repair? Eur. Respir. Rev. 26(146), 170073.
  9. 9. Puvvula P.K. (2019) LncRNAs regulatory networks in cellular senescence. Int. J. Mol. Sci. 20(11), 2615.
  10. 10. Long Y., Wang X., Youmans D.T., Cech T.R. (2017) How do lncRNAs regulate transcription? Sci. Adv. 3(9), eaao2110.
  11. 11. Ferrè F., Colantoni A., Helmer-Citterich M. (2016) Revealing protein-lncRNA interaction. Brief Bioinform. 17(1), 106–116.
  12. 12. Маркелов В.А., Корытина Г.Ф., Азнабаева Ю.Г., Зулкарнеев Ш.Р., Ахмадишина Л.З., Загидуллин Н.Ш. (2023) Роль сигнальных путей, вовлеченных в механизмы клеточного старения, и регуляторных некодирующих РНК в развитии хронической обструктивной болезни легких. Гены и клетки. 18(2), 93–108.
  13. 13. Lu Q., Guo Q., Xin M., Lim C., Gamero A.M., Gerhard G.S., Yang L. (2021) LncRNA TP53TG1 promotes the growth and migration of hepatocellular carcinoma cells via activation of ERK signaling. Noncoding RNA. 7(3), 52.
  14. 14. Chen B., Lan J., Xiao Y., Liu P., Guo D., Gu Y., Song Y., Zhong Q., Ma D., Lei P., Liu Q. (2021) Long noncoding RNA TP53TG1 suppresses the growth and metastasis of hepatocellular carcinoma by regulating the PRDX4/β-catenin pathway. Cancer Lett. 513, 75–89.
  15. 15. Ersahin T., Tuncbag N., Cetin-Atalay R. (2015) The PI3K/AKT/mTOR interactive pathway. Mol. Biosyst. 11(7), 1946–1954. doi: 10.1039/c5mb00101c. PMID: 25924008.
  16. 16. Wang L., Chen Z., An L., Wang Y., Zhang Z., Guo Y., Liu C. (2016) Analysis of long non-coding RNA expression profiles in non-small cell lung cancer. Cell. Physiol. Biochem. 38(6), 2389–400.
  17. 17. Chen Q.F., Kong J.L., Zou S.C., Gao H., Wang F., Qin S.M., Wang W. (2019) LncRNA LINC00342 regulated cell growth and metastasis in non-small cell lung cancer via targeting miR-203a-3p. Eur. Rev. Med. Pharmacol. Sci. 23(17), 7408–7418.
  18. 18. Tang H., Zhao L., Li M., Li T., Hao Y. (2019) Investigation of LINC00342 as a poor prognostic biomarker for human patients with non-small cell lung cancer. J. Cell. Biochem. 120(4), 5055–5061.
  19. 19. Fellah S., Larrue R. Truchi M., Vassaux G., Mari B., Cauffiez C., Pottier N. (2023) Pervasive role of the long noncoding RNA DNM3OS in development and diseases. Wiley Interdiscip. Rev. RNA. 14(2), e1736.
  20. 20. Savary G., Dewaeles E., Diazzi S., Buscot M., Nottet N., Fassy J., Courcot E., Henaoui I.S., Lemaire J., Martis N., Van der Hauwaert C., Pons N., Magnone V., Leroy S., Hofman V., Plantier L., Lebrigand K., Paquet A., Lino Cardenas C.L., Vassaux G., Hofman P., Günther A., Crestani B., Wallaert B., Rezzonico R., Brousseau T., Glowacki F., Bellusci S., Perrais M., Broly F., Barbry P., Marquette C.H., Cauffiez C., Mari B., Pottier N. (2019) The long noncoding RNA DNM3OS Is a reservoir of fibromiRs with major functions in lung fibroblast response to TGF-β and pulmonary fibrosis. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 200(2), 184–198.
  21. 21. Zeng R., Zhang R., Song X., Ni L, Lai Z., Liu C., Ye W. (2018) The long non-coding RNA MALAT1 activates Nrf2 signaling to protect human umbilical vein endothelial cells from hydrogen peroxide. Biochem. Biophys. Res. Commun. 495(4), 2532–2538.
  22. 22. Ghafouri-Fard S., Esmaeili M., Taheri M. (2020) H19 lncRNA: roles in tumorigenesis. Biomed. Pharmacother. 123, 109774.
  23. 23. Lu Q., Guo Z., Xie W., Jin W., Zhu D., Chen S., Ren T. (2018) The lncRNA H19 mediates pulmonary fibrosis by regulating the miR-196a/COL1A1 axis. Inflammation. 41(3), 896–903.
  24. 24. Xu J.L., Hua T., Ding J., Fan Y., Liu Z.J., Lian J.W. (2019) FOXF2 aggravates the progression of non-small cell lung cancer through targeting lncRNA H19 to down regulate PTEN. Eur. Rev. Med. Pharmacol. Sci. 23(24), 10796–10802.
  25. 25. Al-Rugeebah A., Alanazi M., Parine N.R. (2019) MEG3: an oncogenic long non-coding RNA in different cancers. Pathol. Oncol. Res. 25(3), 859–874.
  26. 26. Zhan H., Sun X., Wang X., Gao Q., Yang M., Liu H., Zheng J., Gong X., Feng S., Chang X., Sun Y. (2021) LncRNA MEG3 involved in NiO NPs-induced pulmonary fibrosis via regulating TGF-β1-mediated PI3K/AKT pathway. Toxicol. Sci. 182(1), 120–131.
  27. 27. Cai B., Yang L., Do Jung Y., Zhang Y., Liu X., Zhao P., Li J. (2022) PTEN: аn еmerging potential target for therapeutic intervention in respiratory diseases. (2022) Oxid. Med. Cell. Longev. 4512503.
  28. 28. Chen C.Y., Chen J., He L., Stiles B.L. (2018) PTEN: tumor suppressor and metabolic regulator. Front. Endocrinol. 9, 338.
  29. 29. Ishtiaq Ahmed A.S., Bose G.C., Huang L., Azhar M. (2014) Generation of mice carrying a knockout-first and conditional-ready allele of transforming growth factor beta2 gene. Genesis. 52(9), 817–826.
  30. 30. Schepers D., Tortora G., Morisaki H., MacCarrick G., Lindsay M., Liang D., Mehta S.G., Hague J., Verhagen J., van de Laar I., Wessels M., Detisch Y., van Haelst M., Baas A., Lichtenbelt K., Braun K., van der Linde D., Roos-Hesselink J., McGillivray G., Meester J., Maystadt I., Coucke P., El-Khoury E., Parkash S., Diness B., Risom L., Scurr I., Hilhorst-Hofstee Y., Morisaki T., Richer J., Désir J., Kempers M., Rideout A.L., Horne G., Bennett C., Rahikkala E., Vandeweyer G., Alaerts M., Verstraeten A., Dietz H., Van Laer L., Loeys B. (2018) A mutation update on the LDS-associated genes TGFB2/3 and SMAD2/3. Hum. Mutat. 39(5), 621–634.
  31. 31. Stefanetti R.J., Voisin S., Russell A., Lamon S. (2018) Recent advances in understanding the role of FOXO3. F1000Res. 7, F1000 Fac. Rev–1372.
  32. 32. Bellezza I., Giambanco I., Minelli A., Donato R. (2018) Nrf2-Keap1 signaling in oxidative and reductive stress. Biochim. Biophys. Acta Mol. Cell. Res. 1865(5), 721–733.
  33. 33. Cheng L., Wang P., Tian R., Wang S., Guo Q., Luo M., Zhou W., Liu G., Jiang H., Jiang Q. (2019) LncRNA2Target v2.0: a comprehensive database for target genes of lncRNAs in human and mouse. Nucl. Acids Res. 47(D1), D140–D144.
  34. 34. Livak K.J., Schmittgen T.D. (2001) Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) method. Methods. 25(4), 402–408.
  35. 35. Lin W., Liu H., Tang Y., Wei Y., Wei W., Zhang L., Chen J. (2021) The development and controversy of competitive endogenous RNA hypothesis in non-coding genes. Mol. Cell. Biochem. 476(1), 109–123.
  36. 36. Bosson A.D., Zamudio J.R., Sharp P.A. (2014) Endogenous miRNA and target concentrations determine susceptibility to potential ceRNA competition. Mol. Сell. 56(3), 347–359.
  37. 37. Jens M., Rajewsky N. (2015) Competition between target sites of regulators shapes post-transcriptional gene regulation. Nat. Rev. Genetics. 16(2), 113–126.
  38. 38. Yuan Y., Liu B., Xie P., Zhang M. Q., Li Y., Xie Z., Wang X. (2015) Model-guided quantitative analysis of microRNA-mediated regulation on competing endogenous RNAs using a synthetic gene circuit. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 112(10), 3158–3163.
  39. 39. Ebert M.S., Neilson J.R., Sharp P.A. (2007) MicroRNA sponges: competitive inhibitors of small RNAs in mammalian cells. Nat. Мethods. 4(9), 721–726.
  40. 40. Xiao H., Liu Y., Liang P., Wang B., Tan H., Zhang Y., Gao X., Gao J. (2018) TP53TG1 enhances cisplatin sensitivity of non-small cell lung cancer cells through regulating miR-18a/PTEN axis. Cell Biosci. 8, 23.
  41. 41. Sun J., Guo Y., Chen T., Jin T., Ma L., Ai L., Guo J., Niu Z., Yang R., Wang Q., Yu X., Gao H., Zhang Y., Su W., Song X., Ji W., Zhang Q., Huang M., Fan X., Du Z., Liang H. (2022) Systematic analyses identify the anti-fibrotic role of lncRNA TP53TG1 in IPF. Cell Death Dis. 13(6), 525.
  42. 42. Su H., Yu S., Sun F., Lin D., Liu P,. Zhao L. (2022) LINC00342 induces metastasis of lung adenocarcinoma by targeting miR-15b/TPBG. Acta Biochim. Pol. 69(2), 291–297.
  43. 43. Fan Q., Jian Y. (2020) MiR-203a-3p regulates TGF-β1-induced epithelial-mesenchymal transition (EMT) in asthma by regulating Smad3 pathway through SIX1. Biosci. Rep. 40(2), BSR20192645.
  44. 44. van Nijnatten J., Brandsma C.A., Steiling K., Hiemstra P.S., Timens W., van den Berge M., Faiz A. (2022) High miR203a-3p and miR-375 expression in the airways of smokers with and without COPD. Sci. Rep. 12(1), 5610.
  45. 45. Yu H., Qi N., Zhou Q. (2021) LncRNA H19 inhibits proliferation and migration of airway smooth muscle cells induced by PDGF-BB through miR-21/PTEN/Akt Axis. J. Asthma Allergy. 14, 71–80.
  46. 46. Gutschner T., Hämmerle M., Eissmann M., Hsu J., Kim Y., Hung G., Revenko A., Arun G., Stentrup M., Gross M., Zörnig M., MacLeod A.R., Spector D.L., Diederichs S. (2013) The noncoding RNA MALAT1 is a critical regulator of the metastasis phenotype of lung cancer cells. Cancer Res. 73(3), 1180–1189.
  47. 47. Lu L., Luo F., Liu Y., Liu X., Shi L., Lu X., Liu Q. (2015) Posttranscriptional silencing of the lncRNA MALAT1 by miR-217 inhibits the epithelial-mesenchymal transition via enhancer of zeste homolog 2 in the malignant transformation of HBE cells induced by cigarette smoke extract. Toxicol. Appl. Pharmacol. 289(2), 276–285.
  48. 48. Chen W., Zhao W., Zhang L., Wang L., Wang J., Wan Z., Hong Y., Yu L. (2017) MALAT1-miR-101-SOX9 feedback loop modulates the chemo-resistance of lung cancer cell to DDP via Wnt signaling pathway. Oncotarget. 8(55), 94317–94329.
  49. 49. Tang Y., Xiao G., Chen Y., Deng Y. (2018) LncRNA MALAT1 promotes migration and invasion of non-small-cell lung cancer by targeting miR-206 and activating Akt/mTOR signaling. Anticancer Drugs. 29(8), 725–735.
  50. 50. Green C.E., Clarke J., Bicknell R., Turner A.M. (2021) Pulmonary microRNA сhanges alter angiogenesis in chronic obstructive pulmonary disease and lung сancer. Biomedicines. 9(7), 830.
  51. 51. Shen Y., Yang Y., Li Y. (2020) MiR-133a acts as a tumor suppressor in lung cancer progression by regulating the LASP1 and TGF-β/Smad3 signaling pathway. Thorac. Cancer. 11(12), 3473–3481.
  52. 52. Gokey J.J., Snowball J., Sridharan A., Speth J.P., Black K.E., Hariri L.P., Perl A.T., Xu Y., Whitsett J.A. (2018) MEG3 is increased in idiopathic pulmonary fibrosis and regulates epithelial cell differentiation. JCI Insight. 3(17), e122490.
  53. 53. Li W., Qiu X., Jiang H., Han Y., Wei D., Liu J. (2016) Downregulation of miR-181a protects mice from LPS-induced acute lung injury by targeting Bcl-2. Biomed. Pharmacother. 84, 1375–1382.
  54. 54. Su Y., Silva J.D., Doherty D., Simpson D.A., Weiss D.J., Rolandsson-Enes S., McAuley D.F., O´Kane C.M., Brazil D.P., Krasnodembskaya A.D. (2023) Mesenchymal stromal cells-derived extracellular vesicles reprogramme macrophages in ARDS models through the miR-181a-5p-PTEN-pSTAT5-SOCS1 axis. Thorax. 78(6), 617–630.
  55. 55. Ma J., Chen S., Liu Y., Han H., Gong M. Song Y. (2022) The role of exosomal miR-181b in the crosstalk between NSCLC cells and tumor-associated macrophages. Genes Genomics. 44(10), 1243–1258.
  56. 56. Wu H., Ma H., Wang L., Zhang H., Lu L., Xiao T., Cheng C., Wang P., Yang Y., Wu M., Wang S., Zhang J., Liu Q. (2022) Regulation of lung epithelial cell senescence in smoking-induced COPD/emphysema by microR-125a-5p via Sp1 mediation of SIRT1/HIF-1a. Int. J. Biol. Sci. 18(2), 661–674.
  57. 57. Zhao Y., Li A. (2021) miR-19b-3p relieves intervertebral disc degeneration through modulating PTEN/PI3K/Akt/mTOR signaling pathway. Aging. 13(18), 22459–22473.
  58. 58. Li H., Zhang P., Sun X., Sun Y., Shi C., Liu H., Liu X. (2015) MicroRNA-181a regulates epithelial-mesenchymal transition by targeting PTEN in drug-resistant lung adenocarcinoma cells. Int. J. Oncol. 47(4), 1379–1392.
  59. 59. Horita H., Wysoczynski C.L., Walker L.A., Moulton K.S., Li M., Ostriker A., Tucker R., McKinsey T.A., Churchill M.E., Nemenoff R.A., Weiser-Evans M.C. (2016) Nuclear PTEN functions as an essential regulator of SRF-dependent transcription to control smooth muscle differentiation. Nat. Commun. 7, 10830.
  60. 60. Chen G., Yu L., Dong H., Liu Z., Sun Y. (2019) MiR-182 enhances radioresistance in non-small cell lung cancer cells by regulating FOXO3. Clin. Exp. Pharmacol. Physiol. 46(2), 137–143.
  61. 61. Wang S., Sun Y., Yao L., Xing Y., Yang H. Ma Q. (2024) The role of microRNA-23a-3p in the progression of human aging process by targeting FOXO3a. Mol. Biotechnol. 66(2), 277–287.
  62. 62. Wang Y.Q., Cao Q., Wang F., Huang L.Y., Sang T.T., Liu F., Chen S.Y. (2015) SIRT1 protects against oxidative stress-induced endothelial progenitor cells apoptosis by inhibiting FOXO3a via FOXO3a ubiquitination and degradation. J. Cell. Physiol. 230(9), 2098–2107.
  63. 63. Zhang C., Kong X., Ma D. (2020) miR-141-3p inhibits vascular smooth muscle cell proliferation and migration via regulating Keap1/Nrf2/HO-1 pathway. IUBMB Life. 72(10), 2167–2179.
  64. 64. Thu K.L., Pikor L.A., Chari R., Wilson I.M., Macaulay C.E., English J.C., Tsao M.S., Gazdar A.F., Lam S., Lam W.L., Lockwood W.W. (2011) Genetic disruption of KEAP1/CUL3 E3 ubiquitin ligase complex components is a key mechanism of NF-kappaB pathway activation in lung cancer. J. Thorac. Oncol. 6(9), 1521–1529.
  65. 65. Liao H., Liang Y., Kang L., Xiao Y., Yu T., Wan R. (2021) miR4543p inhibits nonsmall cell lung cancer cell proliferation and metastasis by targeting TGFB2. Oncol. Rep. 45(5), 67.
  66. 66. Zhong L., Yang H., Zhu B., Zhao X., Xie M., Cao M., Liu C., Zhao D., Lyu Y., Shang W., Wang B., Wu Y., Sun X., Qiu G., Fu W., Jiang H. (2022) The TBX1/miR-193a-3p/TGF-β2 axis mediates CHD by promoting ferroptosis. Oxid. Med. Cell. Longev. 2022, 5130546.
  67. 67. Paliwal S., Shi J., Dhru U., Zhou Y., Schuger L. (2004) P311 binds to the latency associated protein and downregulates the expression of TGF-beta1 and TGF-beta2. Biochem. Biophys. Res. Commun. 315(4), 1104–1109.
  68. 68. Khankan R., Oliver N., He S., Ryan S.J., Hinton D.R. (2011) Regulation of fibronectin-EDA through CTGF domain-specific interactions with TGFβ2 and its receptor TGFβRII. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 52(8), 5068–5078.
  69. 69. Yang B., Bai J., Shi R., Shao X., Yang Y., Jin Y., Che X., Zhang Y., Qu X., Liu Y., Li Z. (2020) TGFB2 serves as a link between epithelial-mesenchymal transition and tumor mutation burden in gastric cancer. Int. Immunopharmacol. 84, 106532.
  70. 70. Li Q., Zhang C., Chen R., Xiong H., Qiu F., Liu S., Zhang M., Wang F., Wang Y., Zhou X., Xiao G., Wang X., Jiang Q. (2016) Disrupting MALAT1/miR-200c sponge decreases invasion and migration in endometrioid endometrial carcinoma. Cancer Lett. 383(1), 28–40.
  71. 71. Yang S., Banerjee S., de Freitas A., Sanders Y.Y., Ding Q., Matalon S., Thannickal V.J., Abraham E., Liu G. (2011) Participation of miR-200 in pulmonary fibrosis. Am. J. Pathol. 180(2), 484–493.
  72. 72. Lin W., Liu H., Tang Y., Wei Y., Wei W., Zhang L., Chen J. (2021) The development and controversy of competitive endogenous RNA hypothesis in non-coding genes. Mol. Сell. Biochem. 476(1), 109–123.
  73. 73. Zhang X., Xu J., Wang J., Gortner L., Zhang S., Wei X., Song J., Zhang Y., Li Q., Feng Z. (2013) Reduction of microRNA-206 contributes to the development of bronchopulmonary dysplasia through up-regulation of fibronectin 1. PLoS One. 8(9), e74750.
  74. 74. Song J., Su Z.Z., Shen Q.M. (2020) Long non-coding RNA MALAT1 regulates proliferation, apoptosis, migration and invasion via miR-374b-5p/SRSF7 axis in non-small cell lung cancer. Eur. Rev. Med. Pharmacol. Sci. 24(4), 1853–1862.
  75. 75. Andreas A., Maloy A., Nyunoya T., Zhang Y., Chandra D. (2022) The FoxP1 gene regulates lung function, production of matrix metalloproteinases and inflammatory mediators, and viability of lung epithelia. Respir. Res. 23(1), 281.
  76. 76. Wei S., Wang K., Huang X., Tang W., Zhao Z., Zhao Z. (2019) Knockdown of the lncRNA MALAT1 alleviates lipopolysaccharideinduced A549 cell injury by targeting the miR175p/FOXA1 axis. Mol. Med. Rep. 20(2), 2021–2029.
  77. 77. Liu H., Shi C., Deng Y. (2020) MALAT1 affects hypoxia-induced vascular endothelial cell injury and autophagy by regulating miR-19b-3p/HIF-1α axis. Mol. Cell. Biochem. 466(1–2), 25–34.
  78. 78. Baumgartner U., Berger F., Hashemi Gheinani A., Burgener S.S., Monastyrskaya K., Vassella E. (2018) МiR-19b enhances proliferation and apoptosis resistance via the EGFR signaling pathway by targeting PP2A and BIM in non-small cell lung cancer. Mol. Cancer. 17(1), 44.
  79. 79. Zhang Z., Li M., Zhang Z. (2020) lncRNA MALAT1 modulates oxaliplatin resistance of gastric cancer via sponging miR-22-3p. OncoTargets. Therapy. 13, 1343–1354.
  80. 80. Yang K., Li W., Duan W., Jiang Y., Huang N., Li Y., Ren B., Sun J. (2019) Resveratrol attenuates pulmonary embolism associated cardiac injury by suppressing activation of the inflammasome via the MALAT1miR223p signaling pathway. Int. J. Mol. Med. 44(6), 2311–2320.
  81. 81. Zhou Q., Run Q., Li C.Y., Xiong X.Y., Wu X.L. (2020) LncRNA MALAT1 рromotes STAT3-mediated endothelial inflammation by counteracting the function of miR-590. Cytogenet. Genome Res. 160(10), 565–578.
  82. 82. Shen F., Zheng H., Zhou L., Li W., Xu X. (2019) Overexpression of MALAT1 contributes to cervical cancer progression by acting as a sponge of miR-429. J. Сell. Рhysiol. 234(7), 11219–11226.
  83. 83. Liu C., Zhuo H., Ye M.Y., Huang G.X., Fan M., Huang X.Z. (2020) LncRNA MALAT1 promoted high glucose-induced pyroptosis of renal tubular epithelial cell by sponging miR-30c targeting for NLRP3. Kaohsiung J. Med. Sci. 36(9), 682–691.
  84. 84. Lai X., Zhong J., Zhang A., Zhang B., Zhu T., Liao R. (2022) Focus on long non-coding RNA MALAT1: insights into acute and chronic lung diseases. Front. Genet. 13, 1003964.
  85. 85. Hu T.J., Huang H.B., Shen H.B., Chen W., Yang Z.H. (2020) Role of long non-coding RNA MALAT1 in chronic obstructive pulmonary disease. Exp. Ther. Med. 20(3), 2691–2697.
  86. 86. Liu S., Liu M., Dong L. (2020) The clinical value of lncRNA MALAT1 and its targets miR-125b, miR-133, miR-146a, and miR-203 for predicting disease progression in chronic obstructive pulmonary disease patients. J. Clin. Lab. Anal. 34(9), e23410.
  87. 87. Barnes P.J. (2016) Inflammatory mechanisms in patients with chronic obstructive pulmonary disease. J. Allergy Clin. Immunol. 138(1), 16–27.
  88. 88. Shen P., Qu L., Wang J., Ding Q., Zhou C., Xie R., Wang H., Ji G. (2021) LncRNA LINC00342 contributes to the growth and metastasis of colorectal cancer via targeting miR-19a-3p/NPEPL1 axis. Cancer Cell Int. 21(1), 105.
  89. 89. Chen Q.F., Kong J.L., Zou S.C., Gao H., Wang F., Qin S.M., Wang W. (2019) LncRNA LINC00342 regulated cell growth and metastasis in non-small cell lung cancer via targeting miR-203a-3p. Eur. Rev. Med. Pharmacol. Sci. 23(17), 7408–7418.
  90. 90. Shao M., Ma H., Wan X., Liu Y. (2020) Survival analysis for long noncoding RNAs identifies TP53TG1 as an antioncogenic target for the breast cancer. J. Cell. Physiol. 235(10), 6574–6581.
  91. 91. Deng H., Schwartz M.A. (2022) High fluid shear stress inhibits cytokine-driven Smad2/3 activation in vascular endothelial cells. J. Am. Heart Assoc. 11(14), e025337.
  92. 92. Zhu Y., Chen X., Mi L., Wang Q., Zhu H., Ju H., Lu H. (2020) Sumoylation of CCAAT-enhancer-binding protein α inhibits lung differentiation in bronchopulmonary dysplasia model rats. J. Cell. Mol. Med. 24(12), 7067–7071.
  93. 93. Ghosh A.J., Hobbs B.D., Yun J.H., Saferali A., Moll M., Xu Z., Chase R.P., Morrow J., Ziniti J., Sciurba F., Barwick L., Limper A.H., Flaherty K., Criner G., Brown K.K., Wise R., Martinez F.J., McGoldrick D., Cho M.H., DeMeo D.L., Silverman E.K., Castaldi P.J, NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) Consortium, Hersh C.P. (2022) Lung tissue shows divergent gene expression between chronic obstructive pulmonary disease and idiopathic pulmonary fibrosis. Respir. Res. 23(1), 97.
  94. 94. He L., He G. (2021) DNM3OS facilitates ovarian cancer progression by regulating miR-193a-3p/MAP3K3 axis. Yonsei Med. J. 62(6), 535–544.
  95. 95. Fang X., Tang Z., Zhang H., Quan H. (2020) Long non-coding RNA DNM3OS/miR-204-5p/HIP1 axis modulates oral cancer cell viability and migration. J. Oral. Pathol. Med. 49(9), 865–875.
  96. 96. Liu Y., Guan H., Zhang J.L., Zheng Z., Wang H.T., Tao K., Han S.C., Su L.L., Hu D. (2018) Acute downregulation of miR-199a attenuates sepsis-induced acute lung injury by targeting SIRT1. Am. J. Physiol. Cell. Physiol. 314(4), С449–C455.
  97. 97. Mizuno S., Bogaard H.J., Gomez-Arroyo J., Alhussaini A., Kraskauskas D., Cool C.D., Voelkel N.F. (2012) MicroRNA-199a-5p is associated with hypoxia-inducible factor-1α expression in lungs from patients with COPD. Chest. 142(3), 663–672.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. S1
Скачать (960KB)
Метаданные
3. Рис. S2
Скачать (690KB)
Метаданные
4. Приложение
Скачать (357KB)
Метаданные
5. Рис. 1. Относительная экспрессия (представлена в виде lg Fold Change (2-ΔΔCt )) днРНК и мРНК у больных ХОБЛ и индивидов контрольной группы. Результаты представлены в виде медианы и 25–75% межквартильного интервала (медиана (25–75% IQR), P – в U-тесте Манна–Уитни.

Скачать (365KB)
Метаданные
6. Рис. 2. ROC-анализ прогностической значимости днРНК и мРНК, относительный уровень экспрессии которых изменен в МНК больных ХОБЛ. AUC: площадь под кривой. а – днРНК DNM3OS; б – днРНК LINC000342; в – днРНК MALAT1; г – днРНК TP53TG1; д – мРНК TGFB2; е – прогностическая модель, которая включает одновременную оценку уровня экспрессии днРНК TP53TG1 и TGFB2.

Скачать (418KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024